Jakubany patria do okresu Stará Ľubovňa. Je to severná oblasť Spiša. Jej nadmorská výška dosahuje v strede obce 610 m nadm. výšky. Chotár má nadmorskú výšku v tej Časti, ktorá sa obrába 580-1016 m. V minulosti patrili Jakubany do Spišskej župy so sídlom v Levoči. Cez Starú Ľubovňu vedie cesta z východu od Prešova na západ smerom do Popradu. Zo Starej Ľubovne sa môže cestovať na sever do Poľska cez hraničný priechod Mnišek nad Popradom. Smerom na juh cez Novú Ľubovňu vedie cesta do Jakubian, vzdialených od Starej Ľubovne 9 km. Obec leží na severnom sva­hu Levočského pohoria, v širokej doline rieky Jakubianky, ktorá pramení pod Ihlou. Neďaleko odtiaľ je najvyšší vrch v Levočskom pohorí Čierna hora (nadm. výška 1291 m). Rieka Jakubianka tečie smerom na sever okolo Jakubian po východnej strane, ďalej do Starej Ľubovne, kde sa vlieva do rieky Poprad a táto sa vlieva do Visly, ktorá tečie cez Poľsko do Baltického mora. Z juhovýchodu medzi Jakubanmi a Šambronom je druhý najvyšší vrch Siminy (nadm. výška 1290 m). V poli aj na horách sa nachádzajú sírne pramene (ako sa ľudovo hovorí vajcovky). Chotár má hnedé lesné, illime-rizované a oglejené pôdy.

Poloha obce k vode i chotáru je veľmi výhodná. Leží na nízkej štrko­vej terase s prikrývkou splavených hlín, je dobre chránená pred povodňa­mi rieky Jakubianky, ktorá tečie popri dedine v jej blízkosti. Nízka štrková terasa zabezpečuje prístup k zdravej pitnej vode vykopaním studne. Je tre­ba povedať, že v súčasnosti je čoraz viac závadnej vody, lebo chemikálie z pôdy sa dostávajú do zeme a presakujú do jej spodnej časti, čím dochádza k znečisteniu vody. Preto už aj na dedine ľudia zavádzajú vodovod.

Poloha Jakubian je severovýchodná. Obec je rozložená okolo hlav­nej cesty v dĺžke asi 3 km. Jej nadmorská výška je 610 m. Je obkolesená týmito obcami: na severe je Nová Ľubovňa, severovýchode Chmelnica a Plavnica, východe Šambron a na západe Kolačkov.

Cez Jakubany sa môže ísť do Levoče, kde toho časuje urobená po­merne slušná (asfaltová) cesta, ktorá je však menej udržiavaná ako ostatné cesty.

Základná charakteristika